Dirección Ejecutiva (Organismo de Cuenca)
La Dirección Ejecutiva de la AMSCLAE es el órgano operativo de la institución y tiene a su cargo la dirección y la administración general de la AMSCLAE, sin perjuicio de la competencias y atribuciones que corresponden a la Coordinación Ejecutiva, es el órgano ejecutor de las decisiones de la Coordinación Ejecutiva y el órgano verificador del cumplimiento de los compromisos institucionales adquiridos por las instituciones y sectores usuarios de la cuenca del lago de Atitlán ante la Coordinación Ejecutiva; es además el órgano responsable de hacer cumplir las disposiciones, resoluciones, ordenanazas y normas emitidas por la Coordinación Ejecutiva a favor del lago de Atitlán, su cuenca, su ambiente, sus recursos naturales y su gente.
La Dirección Ejecutiva de la AMSCLAE es la encargada de dirigir y coodinar las actividades científicas, técnicas, administrativas y financieras de la institución, así como la encargada de aplicar y de velar porque se cumplan, por todas las instituciones y sectores usuarios de la cuenca, las directrices y mecanismos establecidos en el plan de manejo integrado de la cuenca del lago de Atitlán y su entorno; además tiene como atribución la Secretaría de la Coordinación Ejecutiva, participando en todas las reuniones de trabajo de la misma, con voz pero sin voto. La Dirección Ejecutiva de la AMSCLAE para cumplir con sus deberes y obligaciones, debe tener un compromiso fuerte con la institución, con el lago de Atitlán y su cuenca, con la sociedad, con el cumplimiento de la ley, así como un conocimiento y experiencia especializado en el lago de Atitlán y en temáticas como el manejo de cuencas, recursos hídricos, limnología, además de una reconocida honorabilidad y honestidad. Este órgano operativo de la AMSCLAE está a cargo del Director Ejecutivo.